Enfermedad de Crohn. Es una enfermedad donde el cuerpo se ataca a sí mismo y se caracteriza porque puede haber inflamación en cualquier parte del tubo digestivo, desde la boca hasta el ano. Pueden aparecer fistulas en varias partes del cuerpo. Las fistulas anales en la Enfermedad de Crohn generalmente son múltiples y, en muchos casos, aparecen hasta 10 años antes de cualquier otro síntoma. La fístula anorrectal por enfermedad de Crohn requiere colocar setones por un tiempo para drenar las abscesos y se da un medicamento especial para controlar la enfermedad, con lo que las fístula cierran solas.

Tuberculosis Anal. La tuberculosis anal es una enfermedad muy rara hoy en día. Aparece en personas con defensas muy bajas, como los pacientes con VIH. Aparecen fístulas múltiples. Se necesita tomar una biopsia y un cultivo para diagnosticarla. Este tipo de fístulas se trata con medicamentos tomados para la tuberculosis (6 a 12 meses de tratamiento) y rara vez se ocupa algún procedimiento quirúrgico.

Cáncer Anal – Rectal. En ocasiones, los cánceres de recto son tan grandes que atraviesan el recto y los tejidos alrededor hasta que alcanzan la piel. Muchas veces los tumores se abscedan y forman fístulas complejas. La cura para estas fístulas es curar el cáncer pero no se pueden iniciar las radiaciones ni quimioterapia si hay infección. Por tanto, se hacen cirugías limitadas variadas para drenar los abscesos, dejar drenajes y controlar la infección, y ya después se trata el cáncer. Es una situación muy compleja y con muy mal pronóstico porque implica que el tumor ya está muy avanzado. Es indispensable eliminar la infección para poder tratar el cáncer.

Enfermedad Diverticular de Colon. Los divertículos de colon son unas protuberancias que se hacen en el colon (intestino grueso) debido al estreñimiento y una dieta de muchos años con poca agua y fibra. En ocasiones, los divertículos se infectan y se hacen abscesos grandes que se rompen hacia la piel cerca del ano. Esta fistula se cura quitando la parte del intestino grueso donde están los divertículos y no propiamente operando la fístula.

Traumatismos (Heridas). Algunas veces, las heridas por arma blanca, varillas o balas entran cerca del ano y perforan el recto. Aquí hay lesiones diversas del músculo del ano y se tienen que reparar para evitar la incontinencia. No siempre se pueden reparar los músculos al 100%. Después se cierran los orificios en el recto. En muchos casos es necesario dejar una colostomía (colocar el intestino en la pared abdominal) para que la materia fecal ni infecte la cirugía y pueda cicatrizar. Más adelante se volverá a conectar el intestino para que la persona evacue de forma normal.